Kesehatan lingkungan merupakan syarat mutlak bagi terciptanya proses belajar mengajar yang efektif dan menyenangkan bagi seluruh warga sekolah. Di wilayah timur Indonesia, semangat untuk mewujudkan sekolah sehat Jayapura terus digalakkan melalui berbagai program inovatif yang melibatkan peran aktif para siswa dan guru. Melalui gerakan kebersihan rutin, setiap individu diajak untuk menyadari bahwa menjaga keasrian lingkungan adalah bagian dari ibadah dan bentuk tanggung jawab terhadap alam sekitar. Selain menjaga kebersihan kelas, sekolah juga memberikan edukasi mengenai pentingnya cara jaga kebersihan diri guna melindungi kesehatan tubuh dari berbagai kuman dan bakteri penyebab penyakit. Dengan disiplin yang tinggi dari seluruh warga SMPN 1 Jayapura, diharapkan tercipta suasana belajar yang bersih, nyaman, dan mendukung pertumbuhan fisik serta mental siswa secara maksimal agar mereka mampu meraih prestasi yang membanggakan bagi tanah Papua.
Implementasi gerakan kebersihan di sekolah ini dimulai dari pembiasaan hal-hal kecil seperti membuang sampah pada tempatnya dan memilah jenis sampah organik serta anorganik. Setiap pagi sebelum bel masuk berbunyi, siswa secara bergilir melakukan pemeriksaan kebersihan di area taman dan selasar sekolah. Kegiatan ini bertujuan untuk menanamkan rasa memiliki terhadap fasilitas yang telah disediakan. Lingkungan yang bersih terbukti dapat meningkatkan kualitas udara di sekitar kelas, sehingga siswa tidak cepat merasa lelah atau mengantuk saat mengikuti pelajaran. Selain itu, pemandangan sekolah yang asri dengan banyak tanaman hijau memberikan efek relaksasi yang positif bagi pikiran siswa yang sedang berkonsentrasi pada materi yang berat.
Edukasi mengenai sanitasi yang baik juga menjadi pilar penting dalam program sekolah sehat ini. Pengelolaan kantin sekolah diawasi secara ketat untuk memastikan makanan yang dikonsumsi siswa bersih, sehat, dan bergizi seimbang. Fasilitas tempat cuci tangan dengan sabun disediakan di berbagai sudut strategis sekolah untuk memudahkan siswa mencuci tangan setiap sebelum dan sesudah makan. Kebiasaan sederhana ini sangat efektif dalam mencegah penyebaran penyakit menular di lingkungan sekolah yang padat. Para guru sering memberikan contoh langsung dengan selalu menjaga kerapian ruang kerja mereka, karena teladan dari pendidik adalah cara paling ampuh dalam membentuk karakter siswa yang cinta kebersihan.